李蕃任黄县县令，深受黄县百姓的拥戴。一连留任，到了第三任期即将任满的时候，祸事就出现了。
李蕃在黄县的施政决策，使黄县的百姓得到了实惠，受到百姓的爱戴，但触犯了少数富豪的利益。他的上司登州知府，也是“明知其廉，而嫉其直。往往阳为好语，阴构伤之”。
康熙十八年，黄县发生一起杀人案。有个歹徒企图奸淫女子，这女子的父母闻讯赶来抓歹徒，结果被歹徒杀死。后歹徒被捕，判了死刑。他把这案子如实呈报到府，原来这歹徒就是府官的亲戚，府官不予理睬，但李蕃依法治了这歹徒的罪。这本是罪有应得的，但府官见杀了他的亲戚，便将案情改了，说是农民夫妇偷盗粮食，他的亲戚出于保护国家财产才杀人的，李蕃无视本朝法度，错斩好人。就这样，朝廷下旨，将李蕃下狱。
执行逮捕的官员来到黄县，见黄民的求情呼声很高，决定先将李蕃带到府里再说。黄县人民得知这一消息，商定在李蕃离开黄县这天，各家扶老携幼，焚香秉烛，沿途为李蕃送行。狡猾的府官了解到这一情况，连夜将李蕃带走了。
李蕃被捕了，作为重大罪犯被丢下天牢，成千上万黄民前往看望。那是热天，有钱的人买通狱吏，进监为他打扇；无钱的就坐在监狱外，成天痛哭。后被朝廷发觉，辗转宛平监狱，黄民还是如此，你来我往，探监哭狱，同时还送给李蕃很多鸡蛋、鸡肉之类的食品。一天拂晓，宛平知县发觉满城雄鸡高叫，一查才知道是黄县人民送给李蕃的鸡在鸣叫。知县将此情况奏报朝廷，朝廷又将李蕃发配山海关，白天劳动，晚上守关。黄民因路途太远不便前往，就纷纷上书陈情。就这样，李蕃被囚三年，在黄民的呼吁和亲友的搭救下，得以释放。这就是“黄民哭狱”的故事。
李蕃出狱后，无钱回家，被芜湖的一位朋友接到家里暂住，一直到六十三岁时，才被家人接回老家，颐养天年。