欧阳修著《新唐书·卷四十·志第二十六·五行三》有巴州（今四川巴中）疫情的记载：唐贞观十八年(644)夏，“庐（淮南道）、濠（河南道）、巴（山南道）、普（剑南道）、郴（江南道）五州疫”，贞观二十一年（647年），“巴、蜀两州疫”。巴即为巴州。明嘉靖七年(1528)，“四川巴州、昭化县、安岳县疫”等。
民国时期巴中地区（民国3年为嘉陵道，民国19年为四川省第十五行政督查区的通江、南江、巴中）瘟疫流行种类主婁有：天花、伤寒、霍乱、麻疹、痢疾、流感、疹热病、白喉症、猩红热、黑死病、大头瘟、班疹伤寒等，集中在夏、秋两季，为疫灾高发期，春季相对较少，冬季次之。不完全统计，较大规模的瘟疫计有36起，其中：通江县10起，南江县11起，巴中县15起，瘟疫为害甚巨，每次瘟疫之灾造成触目惊心的死亡人数，有的贫苦百姓家庭出现了全家死绝的惨剧。
一、主要原因
一是水、旱灾等自然灾害频发。
（如1925年，1935年大旱灾、1936年至1937年饥荒），长期的军阀割据，频繁的战乱，自然生态环境受到严重破坏，经济状况穷困，百姓生活条件差，居住条件恶劣，卫生意识低下，卫生习惯不良，饮用水不洁净，民众食不果腹，身体健康状况不佳，免疫力弱，欠缺预防传染病意识。
二、医疗基础薄弱。
巴中、通江、南江无专门防疫机构，应对疫灾的公共卫生体系不完善，医疗卫生事业匮乏，三县医疗机构均成立于民国后期，规模小，等次低，为丙等医院，共有医务人员25人，巴中县卫生院成立于民国32年(1943)，医务人员10人；通江县卫生院成立于民国34年(1945)，医务人员7人；南江县卫生院成立于民国33年(1944)，医务人员8人。
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