巴中十二署分别是：巴州州衙署、儒学署、吏目署、把总署、游击署、左哨专城千总署、中军守备署、左司外委署、左哨额外外委署、州判署、右哨额外外委署、右哨千总署。
1、巴州州衙署
位于巴城东北隅，今县(区)府处，唐会昌四年（844）为州守裴袆所建。
2、儒学署
在州署之西，今县(区)公安局处，为嘉庆十三年（1808）知州李天培所建。
3、吏目署
在州署头门之东，今县(区)防疫站处，为嘉庆十三年（1808）吏目高震所建。
4、把总署
在文庙西侧。
5、游击署
又名武官衙门。在城西，今巴师附小内，为嘉庆二十四年（1819）修建。
6、左哨专城千总署
在游击署东侧，与游击署同时修建。
7、中军守备署
在游击署西侧，与游击署同时修建。
8、左司外委署
在城东，今大东内街交新市街处。
9、左哨额外外委署
在城西门外，今川剧院处。
10、州判署
在江口镇，旧为巡检署。
11、右哨额外外委署
在花从垭，即今恩阳区花丛镇。
12、右哨千总署
在镇龙关，即今平昌县镇龙镇。